L'Ospedale di Pisa fu eretto nel XII secolo per revocare una scomunica,  lanciata alla città da Gregorio IX. L’antefatto va ricercato nello scontro in atto, nel periodo 1240-1260, tra il Papa (Gregorio IX) e l’Imperatore Federico II di Svevia  per il quale parteggiava la Pisa ghibellina. Il Papa, con l’intento di deporre l’Imperatore, aveva convocato un Concilio Generale a Roma per il mese di maggio del 1241;  la guelfa Genova si assunse l’incarico di far giungere a Roma, via mare, i prelati francesi, italiani e degli Stati dell’Europa Centrale.  L’imperatore  pensò di evitare la destituzione impedendo ai prelati di giungere a Roma e, a questo scopo, ordinò al figlio Enzo di radunare la flotta imperiale e di unirla a quella di Pisa: lo scontro tra la flotta imperiale e quella di Genova avvenne il 3 Maggio 1241 e si concluse con la vittoria dei Pisani. Il concilio fu impedito e Pisa ebbe la scomunica che durò in pratica fino alla morte di Federico II e alla salita al soglio pontificio di Alessandro IV (1254). La revoca della scomunica fu chiesta da Frà Mansueto Tanganelli di Arezzo, dell’Ordine dei Frati Minori di S Francescoe penitenziere del Papa, e concessa a due condizioni: riconoscere imperatore soltanto chi fosse stato approvato dal Vaticano ed erigere uno Spedale. Le condizioni furono accettate e la prima pietra dell’Ospedale, inizialmente denominato di S Spirito e di Papa Alessandro IV e piu’  tardi  di S Chiara, fu posta il giorno di Pentecoste dell’anno 1257.  Con bolla pontificia del 24 giugno 1258, veniva altresi autorizzato l'Arcivescovo Visconti a riunire nello 'Spitale Nuovo' tutti gli Ospedali e Presidi Sanitari della città, da cui 'Spedali Riuniti'. Il governo dell'Ospedale fu affidato ai 'fratres' e al loro Superiore detto Maestro O Rettore. Per evitare intrusi ai frati dell'ospedale venne concesso il distintivo, da portare su cappe, tonache e mantelli, formato da una lettera A unita ad una E e sormontate da una croce (riferimento ad Alexander Episcopus). I frati nella loro opera di assistenza vennero aiutati da pie donne che avevano fatto voto di rinuncia ai propri beni e alla vita mondana per dedicarsi completamente all'assistenza degli infermi da cui origina il nome di 'oblate' o suore di S Chiara. L'Ospedale diventò efficiente e ricco e, agli inizi del '400, possedeva nella sola Pisa 127 case. Nel 1546 l'Ospedale passò sotto la giurisdizione di quello di S Maria Nuova di Firenze e governato dagli Spedalinghi e nel 1791, sotto la dominazione Austriaca, l'Ospedale venne commissariato. Con l'avvento dell'Unità d'Italia il Ministro Rattazzi stabili' una maggior partecipazione del Comune alla gestione dell'Ospedale e nel 1884 il Comune di Pisa nominò il primo Consiglio di Amministrazione che si dette un Presidente.
      Oggi "Spedali Riuniti di S Chiara" è gestito dall’Azienda Ospedaliera Pisana (AOP) guidata da un Direttore Generale (Dr Antonio Bizzarri), da un Direttore Amministrativo (Dr Alfredo Porcaro) e da un Direttore Sanitario (Dr Tommaso D’Angelo). L’ AOP è nata per dare una risposta assistenziale alla domanda di prestazioni di piu’ alto livello tecnologico e/o professionale e quindi per frenare l’emorragia di pazienti verso ospedali extra-regionali e al contempo per attrarre pazienti da altre regioni.  L’AOP ha un bacino di utenza di 200.000 abitanti (provincia di Pisa) per attività ospedaliera di base e di 1.250.000 abitanti (provincie di Pisa, Livorno, Lucca, Massa Carrara) per attività di secondo livello. E’ un Ospedale di Rilievo Nazionale e di Alta Specializzazione (DPCM 12.4.94) che prevede: Emergenze cuore, Neurochirurgia e Neurologia Intensiva, Nefro-Urologia, Trapianti Renali, Chirurgia Toracica e Pneumo-Oncologia, Grandi Ustioni. E' un Ospedale di Terzo livello (PSR 1996-98), in  cui insiste la prevalenza del percorso formativo del triennio clinico della Facoltà di Medicina e Chirurgia dell'Università. Dotato di 1.700 posti letto ha effettuato nell’anno 1996 oltre 60.000 ricoveri (30.000 per pazienti della provincia di Pisa, 20.000 per pazienti residenti in altre provincie della regione Toscana e 10.000(17%) per pazienti fuori regione) e circa 2.500.000 prestazioni ambulatoriali.
Il bilancio di previsione, in equilibrio finanziario, per il 1997 e di 413 miliardi e si può valutare in circa 300 miliardi l’indotto economico sul territorio pisano